I skärningspunkten mellan akademisk forskning och innovation i biotech är Emilia Lahtinen industridoktorand i samarbete mellan Gedea Biotech och Karolinska Institutet (KI). I sin forskning fokuserar hon på ett av de
mest dynamiska och komplexa områdena inom kvinnors hälsa – det vaginala mikrobiomet – och hur nya, icke-antibiotiska behandlingar kan återställa dess naturliga balans för att behandla bakteriell vaginos.
– Att få vara en del av båda miljöerna ger mig det bästa av två världar, säger Emilia. På KI har jag tillgång till den senaste forskningen inom mikrobiom, medan jag på Gedea kan tillämpa den kunskapen direkt på kliniska data och produktutveckling.
Att utforska det vaginala mikrobiomet
Emilias doktorsprojekt Bacterial vaginosis: Understanding the impact of antibiotic and antibiotic-free treatments on the vaginal microbiome and risk of recurrence fokuserar på hur det vaginala mikrobiomet förändras under och efter behandling av bakteriell vaginos (BV) – ett vanligt och ofta återkommande tillstånd som drabbar miljontals kvinnor världen över. Trots att antibiotikabehandlingar finns tillgängliga är återfallsfrekvensen hög, och störningar i det naturliga mikrobiomet är en fortsatt utmaning. För att undersöka dessa mikrobiella förändringar på djupet kombinerar Emilia shotgun-metagenomsekvensering och kvantitativ PCR (qPCR)-analyser.
Shotgun-sekvensering gör det möjligt att undersöka allt mikrobiellt DNA i varje prov – vilket avslöjar vilka arter och gener som finns närvarande och hur de samverkar – medan qPCR möjliggör exakt kvantifiering av specifika nyckelbakterier. Tillsammans ger dessa metoder en detaljerad bild av hur det vaginala mikrobiomet svarar på behandling.
Ny publikation: resultat och överraskningar
I sin senaste publikation, nu tillgänglig på ScienceDirect, presenterar Emilia resultat från Gedeas CL3-studie, där sammansättningen av det vaginala mikrobiomet före och efter behandling med pHyph beskrivs.
Resultaten visar en gradvis återhämtning av gynnsamma Lactobacillus-arter, särskilt L. iners, och en återgång mot mikrobiell balans – med mindre påverkan på det vaginala mikrobiomet än efter antibiotikabehandling.
– Jag var försiktigt optimistisk inför resultaten och blev väldigt glad när vi såg en minskning av bakterier associerade med BV och en ökning av laktobaciller, vilket är mycket intressant. Det var fascinerande att se hur olika mikrober reagerade individuellt, men samtidigt visade data en tydlig trend mot återställd balans, förklarar Emilia.
Samarbete, handledning och internationell erfarenhet
Emilias arbete handleds av Ina Schuppe Koistinen (Karolinska Institutet), Gabriella Edfeldt (Karolinska Institutet), Helena Strevens (Medical Director, Gedea Biotech) och Luisa Hugerth (Uppsala universitet).
Tillsammans erbjuder de en stark tvärvetenskaplig bas som spänner över klinisk medicin, mikrobiologi och translationell forskning.
Under sommaren tillbringade Emilia även tid vid Kwon Lab i Boston, vid Ragon Institute of Harvard, MIT och Massachusetts General Hospital – ett världsledande centrum för forskning om interaktioner mellan värd och mikrober, med särskilt fokus på HIV och mukosal immunologi. Kwon-laboratoriet har även deltagit i analyserna av de så kallade Lactin-V-studierna (ett probiotiskt läkemedel under utveckling för behandling av BV), vilket gör labbet till ett nav för vetenskapliga diskussioner om mikrober och vaginal hälsa. Under sin vistelse där fick Emilia tillgång till en anpassad databas över mikrober och använde labbets analysmetoder för att bearbeta data från Gedeas CL3-studie. Hennes fokus låg på att undersöka skillnader på stamnivå i bakteriepopulationer för att identifiera eventuella samband med behandlingsutfall eller återfall av BV.
– Jag är väldigt tacksam för möjligheten att arbeta vid Kwon-labbet och lära mig av deras team och expertis. Jag hoppas att resultaten blir en del av en större publikation med fokus på shotgun-data för samma prover som vi har qPCR-data för.
Blicken framåt
Hittills har Emilia varit medförfattare till två vetenskapliga publikationer och fortsätter att utforska nya dataset kopplade till det vaginala mikrobiomet. Målet är att försvara sin doktorsavhandling inom det kommande året – en milstolpe som både Gedea och hennes akademiska handledare ser fram emot.
– Nästa steg blir en publikation om qPCR-data från CL3-2-studien och att färdigställa shotgun-analysen från CL3-studien. Sedan är det dags att börja skriva avhandlingen!
Från oss alla på Gedea – stort grattis till den nya publikationen, Emilia, och lycka till på vägen mot din disputation!